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最終更新日:2021.09.01

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ジャンル農学農業生物学

実践生物統計学 ―分子から生態まで―

実践生物統計学

A5/200ページ/2004年03月10日
ISBN978-4-254-42027-2 C3061
定価3,520円(本体3,200円+税)

東京大学生物測定学研究室 編

教科・科目 : 農学

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紀伊國屋書店 旭屋倶楽部 東京都書店案内

圃場試験での栽培,住宅庭園景観,昆虫の形態・生態・遺伝,細菌と食品リスク,保全生態,穀物・原核生物・ウイルスのゲノムなど,生物の興味深い素材を使って実際のデータ解析手法を平易に解説。従来にない視点で生物統計学を学べる好著。

執筆者一覧

【編集者】東京大学生物測定学研究室,岸野洋久
【執筆者(執筆順)】大森 宏,立田晴記,浦崎賢太郎,永宗仁美,宮口聡明,杉谷康雄,小道礼一郎,張 澤,梶谷泰秀,本多正徳,Leonardo de Oliveira Martins

目次

1.  圃場試験で栽培条件の影響をみる―実験計画法・分散分析―
 1.1 試験はどう行うべきか:実験計画法
 1.2 施肥量と栽植密度が水稲収量にもたらす影響を調べる
 1.3 どの効果があるのか:分散分析とF検定
 1.4 他の形質の変動はどうか:多変品分散分析
2. 住宅庭園の景観が与える印象―多変量・多次元解析―
 2.1 個人住宅庭園の位置づけ
 2.2 類似度による庭景観写真の評価:多次元尺度法
 2.3 多数の質問による庭景観写真の評価:数量化3類
 2.4 SD法による庭景観写真の評価:主成分分析,因子分析
 2.5 景観評価手法間の比較:正順相関分析
3. ミヤマクワガタ形態の相対成長解析―回帰分析を用いたアプローチ―
 3.1 形態変異の特徴を探る
 3.2 相対成長を解析する
 3.3 主軸回帰分析
 3.4 同一形質内にみられる成長比の変異を検出する
 3.5 ソフトウェア
4. 腸炎ビブリオと食品リスク―確率論的リスクアセスメント―
 4.1 食品衛生管理の現況
 4.2 微生物学的リスクアセスメントの流れ
 4.3 地域Aにおける近海産魚介類の場合
 4.4 求められる情報
5. 東南アジア・ハマダラカの集団構造―遺伝子流動と隔離の解析―
 5.1 集団構造の眺観
 5.2 遺伝子多様度と分散分析
 5.3 東南アジア・ハマダラカの集団構造の解析
6. 保全生態のための遺伝的交流範囲―不完全データを用いた父性解析による推定―
 6.1 父性解析と排他確率
 6.2 最尤法による父親個体の同定
 6.3 父親特定の不確実性と花粉輸送距離の推定
7. オオムギの分子マーカーと穀物ゲノムのシンテニー―連鎖地図作成―
 7.1 連鎖と組換え価
 7.2 連鎖地図と分子マーカーとは
 7.3 連鎖地図の作成
 7.4 マーカー連鎖地図によるシンテニーの分析
 7.5 連鎖地図から形質遺伝子の位置特定へ
 7.6 連鎖解析の注意点
8. ショウジョウバエ性櫛数関連遺伝子の探索―QTLマッピング―
 8.1 量的形質の連鎖解析はなぜ困難か
 8.2 QTL解析にはどのようなデータが必要か
 8.3 形質と遺伝子の関係を記述する
 8.4 遺伝効果の大きさをはかる:遺伝率と寄与率
 8.5 QTLマッピングの簡便法:分散分析
 8.6 有効なQTLマッピング:区間推定法
 8.7 さらに改良された解析法
 8.8 QTL解析の今後と注意点
9. ショウジョウバエアミラーゼ重複遺伝子の進化―分子進化と系統学的手法―
 9.1 重複遺伝子の進化モデル
 9.2 配列の収集と分子系統樹の推定法
 9.3 ショウジョウバエにおけるアミラーゼ多重遺伝子族の分子系統樹
 9.4 重複後の多様化
 9.5 ゲノム構造が重複遺伝子の運命を左右する
 9.6 展望
10. ガ性フェロモン獲得の遺伝的背景―タンパク質の構造変化の推定―
 10.1 不飽和化酵素と性フェロモン
 10.2 配列データの収集
 10.3 疎水性プロット:内部領域と外部領域の予測
 10.4 二つのグループを特徴づけるアミノ酸座位を推定する
 10.5 不飽和化酵素が性フェロモンを産生するまで
11. 原核生物ゲノムの進化―ゲノムデータヘの系統学的手法の応用―
 11.1 物の進化系統を探る
 11.2 原核生物におけるゲノム配列データの蓄積
 11.3 系統プロファイル
 11.4 ゲノムレパートリーに基づく系統樹
 11.5 今後の展望:原核生物の遺伝子得失様相の解明に向けて
12. HIVウイルスゲノムの組換え―サブタイピングと新種の検出―
 12.1 ウイルスゲノムの編成
 12.2 組換えはどのようにして起こるか
 12.3 HIVサブタイプ
 12.4 組換え株の世界分布
 12.5 HIVデータベース
 12.6 配列のサブタイプの決定を行う
 12.7 組換え検出プログラム
 12.8 実例
A. 付録:統計パッケージR
 A.1 Rとは何か:なぜRを使うのか
 A.2 インストールと基本的な使用法
 A.3 効率的なデータ処理:配列・行列とファイルの読み込み
 A.4 まとめ
B. 第1章付録:分散分析
 B.1 分布および検定
 B.2 分散分析(analysis of variance:ANOVA)
 B.3 第1章でのRコマンド
C. 第2章付録:多変量・多次元解析
 C.1 多次元解析
 C.2 多変量解析
 C.3 第2章でのRコマンド
D. 第3章付録:相対成長解析
 D.1 計算式の解説
 D.2 第3章で用いたデータ
E. 第8章付録:QTL解析
 E.1 分散分析こよるQTL解析
 E.2 QTLの最尤推定
索 引