◆ 1．総論
　1-1　原生生物とは〔永宗喜三郎〕
　1-2　原生生物の細胞構造〔永宗喜三郎・矢吹彬憲〕
　1-3　原生生物の系統と分類〔矢吹彬憲〕
　1-4　大進化〔永宗喜三郎〕
　1-5　共生と原生生物〔永宗喜三郎〕
　1-6　原生生物の生態学〔永宗喜三郎〕
　1-7　モデル生物としての原生生物〔永宗喜三郎〕

◆ 2．分類と進化
　2-1　分類の変遷・現在の全体像〔矢﨑裕規・雪吹直史〕
　2-2　アメーボゾア〔谷口篤史・西上幸範〕
　　1．ディスコセア〔谷口篤史・西上幸範〕
　　2．ツブリネア〔谷口篤史・西上幸範〕
　　3．エヴォセア〔岩本祥明・出川洋介・矢﨑有希〕
　2-3　オピストコンタ〔松崎素道〕
　　1．ホロゾア〔菅　裕〕
　　2．ヌクレトマイセア〔瀬戸健介・出川洋介〕
　2-4　クリプチスタ〔矢吹彬憲〕
　　1．ローロモナディア〔矢吹彬憲〕
　　2．パルピティア〔矢吹彬憲〕
　2-5　ハプチスタ〔矢吹彬憲〕
　　1．ハプト藻（ハプト植物）〔河地正伸〕
　　2．有中心粒太陽虫〔矢吹彬憲〕
　2-6　アーケプラスチダ〔松崎素道〕
　　1．緑色植物〔松崎素道・新倉　保・矢﨑裕規・矢吹彬憲〕
　　2．紅色植物〔鈴木雅大〕
　　3．灰色植物〔松崎素道〕
　2-7　ストラメノパイル〔雪吹直史〕
　　1．オクロ植物〔中山　剛〕
　　2．偽菌〔稲葉重樹・廣岡裕吏〕
　　3．ビギラ〔雪吹直史・福田康弘・吉川尚男・髙尾祥丈〕
　2-8　アルベオラータ〔松崎素道・新倉　保〕
　　1．渦鞭毛虫〔岩滝光儀・高橋和也〕
　　2．繊毛虫〔十亀陽一郎・島野智之〕
　　3．アピコンプレクサ〔松崎素道・新倉　保・永宗喜三郎・Kevin Wakeman・中山卓郎〕
　2-9　リザリア〔大田修平〕
　　1．ケルコゾア〔大田修平・中山卓郎・伊藤真一〕
　　2．レタリア〔石谷佳之・土屋正史・野牧秀隆〕
　2-10　メタモナダ〔雪吹直史〕
　　1．フォルニカータ〔雪吹直史〕
　　2．プレアクソスティラ〔猪飼　桂〕
　　3．パラバサリア〔北出　理・野田悟子・雪吹直史〕
　2-11　ディスコーバ〔矢吹彬憲〕
　　1．ユーグレノゾア〔矢﨑裕規・奈良武司・雪吹直史・矢吹彬憲〕
　　2．ヘテロロボサ〔雪吹直史〕
　2-12　所属不明な原生生物〔矢﨑裕規・矢吹彬憲〕

◆ 3．原生生物の生物学
・生活環および構造と機能
　3-1　生活環〔永宗喜三郎〕
　3-2　細胞分裂〔永宗喜三郎・矢吹彬憲〕
　3-3　核 / 細胞小器官分裂〔平川泰久〕
　3-4　有性生殖〔福田康弘・佐藤晋也〕
　3-5　細胞骨格・鞭毛・捕食装置〔雪吹直史〕
　3-6　射出装置〔矢吹彬憲〕
　3-7　運動関連装置〔梁瀬隆二・西上幸範〕
　3-8　寄生関連装置〔永宗喜三郎〕
　3-9　細胞外被と生体鉱物〔石谷佳之・野村真未〕
　3-10　その他の原生生物特異的な細胞小器官〔矢吹彬憲〕
・オルガネラの進化
　3-11　葉緑体〔神川龍馬〕
　3-12　盗葉緑体〔大沼　亮〕
　3-13　ミトコンドリア〔西村祐貴〕
　3-14　共生体からオルガネラへの進化〔中山卓郎〕
・共生系
　3-15　サンゴ共生系〔丸山真一朗〕
　3-16　シロアリ腸内原生生物〔野田悟子・北出　理〕
　3-17　動物のルーメン〔伊藤　章〕
　3-18　地衣類〔大村嘉人〕
　3-19　複雑な共生系〔谷藤吾朗〕
　3-20　寄生について〔永宗喜三郎・新倉　保〕
・ゲノミクス
　3-21　核ゲノム〔谷藤吾朗〕
　3-22　エピジェネティクス〔荒木球沙・案浦　健〕
　3-23　遺伝子の水平伝播〔矢﨑裕規〕
　3-24　オルガネラゲノム〔西村祐貴〕
・大進化
　3-25　真核細胞の成立〔柏山祐一郎〕
　3-26　オピストコンタにおける多細胞化〔菅　裕〕
　3-27　ストレプト植物における多細胞体制進化〔坂山英俊〕
・分子生物学
　3-28　特殊なエネルギー代謝系を獲得した原生生物〔新倉　保〕
　3-29　寄生性原生生物のヌクレオチド合成系〔新倉　保〕
　3-30　寄生性原生生物のアミノ酸合成系〔牧内貴志〕
　3-31　寄生性原生生物の脂肪酸合成系〔牧内貴志〕
　3-32　光合成〔柏山祐一郎〕
　3-33　細胞内分解系〔坂本寛和〕
　3-34　光応答・認識〔植木紀子・若林憲一〕
　3-35　運動生理〔植木紀子・若林憲一〕
・環境と生態
　3-36　海洋の原生生物〔片岡剛文〕
　3-37　湖沼の原生生物〔近藤竜二・中野伸一〕
　3-38　土壌原生生物〔村瀬　潤〕
　3-39　特殊環境（塩湖・温泉・雪氷）〔松﨑　令〕
　3-40　有害藻類（赤潮・貝毒）〔岩滝光儀・内田　肇・高橋和也〕
・人との関わり
　3-41　化石燃料の代替エネルギーソース〔吉田昌樹〕
　3-42　サプリメント　健康食品としての利用〔米田広平〕
　3-43　地質試料としての原生生物〔石谷佳之・氏家由利香〕
　3-44　水質指標生物〔島野智之・南雲　保〕
　3-45　活性汚泥中の原生生物〔新里尚也〕
　3-46　農業・畜産業・水産業〔村瀬　潤・松原立真・桑田　晃・神山孝史〕
　3-47　ヒト感染症〔新倉　保・永宗喜三郎〕
　3-48　理科教育における原生生物〔安藤元紀〕

◆ 4．観察と研究手法
　4-1　原生生物の探索　単離と培養〔矢吹彬憲〕
　4-2　顕微鏡観察〔島野智之・永宗喜三郎・梁瀬隆二〕
　4-3　染色観察〔矢﨑有希〕
　4-4　ゲノム解析・トランスクリプトーム解析〔西村祐貴〕
　4-5　アンプリコンシークエンス解析〔猪飼　桂〕
　4-6　大規模分子系統解析〔矢﨑裕規〕

用語集
原生生物分類表
事項索引
学名索引