第1章　河川の人為下における自然史
　1.1　流水系と流砂系としての河川：流域治水を視野に
　1.2　流域の特性から捉える木曽三川の自然史
　コラム1　長江と湖沼の魚たち
　1.3　気候変動による河川生態系への影響
　1.4　氾濫原に依存する魚類における集団サイズの変動

第2章　氾濫原環境と生物：変動の水環境
　2.1　氾濫原環境の変遷とワンドの寿命
　2.2　氾濫原水域に適応したタナゴ亜科魚類と現在の生息地
　コラム2　アマゾン川　氾濫原と“ 果実食性の魚”
　2.3　河道内氾濫原における生物の交流
　2.4　全ゲノム集団解析に基づく氾濫原性淡水魚イタセンパラの自然史
　2.5　ケレップ水制と生物群集：人工構造物が生物生息場をもたらす
　コラム3　ヌートリアの二枚貝食害：悩ましい脅威の話

第3章　湧水環境と生物：動的安定の水環境
　3.1　湧水河川の水文学的挙動と湧水魚ハリヨの生活史
　コラム4　河川水の「違い」を見分けるストロンチウム同位体比
　3.2　河道水系網の変遷：堆積物と文献・史料から分析する
　3.3　湧水生態系における生物多様性：湧水の多面的機能と機構
　コラム5　湧水が育む生態的機能の話
　3.4　湧水生態系における生物多様性研究実践
　コラム6　砂漠の魚　Desert Pupfish（Cyprinodon）

第4章　ざわめく自然の再生
　4.1　河川管理事業と循環的氾濫原再生
　コラム7　湧水域復活とトゲウオ保全の話
　4.2　岐阜県における生態系ネットワーク事業　“ セクショナリズムを越えた行政連携” と“ 科学と施策の融合”
　4.3　環境改善としての河川整備事業　～河道の二極化対策の取り組み～
　4.4　水系の連続性　堰と魚道：魚道カルテ
　コラム8　外来種問題の行く末