１．　進化の規模と様式――大進化と小進化
　1　進化の規模
　2　大突然変異と跳躍説
　3　化石記録と形態変化の研究
　4　適応帯間の移行と量子進化
　5　異所的種分化と断続平衡
　6　跳躍的進化と表現型置換
　7　種選択と階層論
　8　進化の速度
　9　進化の趨勢
２.　種分化
　1　種とは何か
　2　生物学的種の概念
　3　生殖的隔離（機構）
　4　新分類学
　5　化石の種の問題
　6　種分化の研究
　7　地理的種分化の証拠
　8　異所的種分化以外の種分化（非異所的種分化）
　9　植物にみられる異質倍数性による同所的種分化
　10　非異所的種分化（同所的種分化）の問題点
　11　化石に関係した異所的種分化の例
３.　種間関係
　1　化石記録に残された共生関係
　2　化石記録に残された寄生関係
　3　化石記録に残された捕食－被食関係
　4　種間関係の時間的な変化
　5　種間関係の空間的な変化
４.　異時性――巻貝と貝形虫の事例
　1　巻貝にみる異時性
　2　貝形虫類にみる異時性
５.　分子進化と古生物学
　1　分子系統学の発展
　2　分子系統学の研究法
　3　分子系統学からみた地球生物の系統進化
　4　古生物の古代DNAの研究
　5　これからの進化研究――すべての事実を統合した進化の研究
６.　生体高分子と歴史情報
　1　分子生物学小史
　2　古細菌の「発見」と生命の樹
　3　過去の遺伝子セットの復元
　4　代謝経路の進化
　5　「カンブリア紀の爆発」と動物の初期進化
　6　原始左右相称動物の姿
　7　祖先的タンパク質の復元
　8　古代DNAの研究
７.　二枚貝類の貝殻内部構造と進化
　1　研究略史
　2　貝殻を形成する細胞
　3　貝殻内部構造の解析に当たって
　4　生体元素
　5　有機分子と有機基質
　6　生鉱物とその結晶
　7　形態型
　8　殻層構造
　9　管状構造
　10　成長構造
　11　個体発生における貝殻内部構造の変化
　12　貝殻の機能
　13　貝殻内部構造の系統・進化
　14　各分類群における貝殻内部構造とその進化
　15　貝殻構造の起源と進化の問題
８.　絶滅の生態学的考察
　1　絶滅とは
　2　絶滅の認識と解釈
　3　通常期の絶滅の事例
　4　絶滅の速度
　5　絶滅の規模
　6　選択的絶滅の要因
　7　体サイズによる選択的絶滅
　8　貧栄養仮説の検証1
９.　進化の時間から「いま・ここ」の数理的構造へ
　1　進化の理論を通して何を知るか
　2　断続平衡 vs 漸進的進化
　3　時間形式・と・空間形式――その双対世界

進化古生物学の用語解説
索　引