1.生態・環境
　概説
　1 – 1 人口変動
　　1 個体群増殖
　　2 齢構成・ステージ構成・サイズ構成
　　3 格子モデル・点過程モデル
　　コラム 1 生態系の複雑性と安定性
　　4 時間遅れ
　　5 差分モデル
　1 – 2カオス
　　6 群集と生態系
　　7 生物多様性（種の多様性）
　　8 生物多様性のパターン
　　9 種の存在量とランキング
　　10 食物網と食物連鎖
　　11 ニッチと多種共存機構
　　12 間接効果
　　13 生物間相互作用
　　14 Lotka–Volterra 系
　　15 ランダム群集モデル
　　16 光合成と化学合成
　　17 生態系とエネルギー
　　18 フェノタイピング
　1 – 3 保全・環境リスク評価・生物資源管理
　　19 保全生物学
　　20 人口学的確率性と環境確率性
　　21 化学物質の生態リスク評価
　　22 社会生態系結合動態モデル
　　23 順応的管理
　　24 生物資源管理
　　コラム 2 Ostrom の原則
　　コラム 3 資源管理と集団遺伝学
　　25 生物種分布モデル
　　26 地球システムモデル
2.進化
　概説
　2 – 1 進化遺伝学
　　1 集団遺伝学
　　2 Fisher の基本定理
　　3 遺伝的浮動と固定確率
　　4 量的遺伝
　　5 適応ダイナミックス
　　6 地理的構造
　　7 老衰の進化
　　8 近交弱勢と遺伝的荷重
　2 – 2 多様性を作る進化
　　9 共進化
　　10 生命の起源
　　11 移動分散の進化
　　12 ゲノム刷り込みの進化
　　13 種分化
　　14 有性生殖の進化
　　15 毒性の進化
　2 – 3 分子進化
　　16 中立説
　　17 コアレセント解析
　　18 自然淘汰とゲノム
　　19 配列進化
　　20 体細胞突然変異
　　21 トランスポゾン
　　22 エピジェネティクス
3.行動・社会
　概説
　3 – 1 行動の進化
　　1 最適捕食
　　2 リスク依存捕食
　　3 配偶者選択
　　4 性配分（性比・性転換）
　　5 配偶システム
　　6 生活史戦略
　　7 生物季節
　　8 表現型可塑性と学習
　3 – 2 協力の進化
　　9 協力の進化機構
　　10 罰
　　11 血縁淘汰
　　12 空間構造と群淘汰
　　13 直接互恵
　　コラム 4 社会性昆虫とハミルトン革命
　3 – 3 ヒトの社会の進化
　　14 人類の進化と移動分散
　　15 文化進化
　　16 間接互恵
　　17 現代社会における協力
　3 – 4 群れと集合行動
　　18 個体間相互作用による群形成
　　19 集合的意思決定
　　20 集団追跡と逃避
　　コラム 5 動物の移動と Lévy walk
4.神経脳科学
　概説
　　コラム 6 カオスと脳
　4 – 1 神経細胞と神経回路のモデル
　　1 神経細胞のモデル
　　2 シナプスの可塑性とダイナミックス
　　3 スパイキングニューロンモデルの発展
　　4 大脳皮質の神経回路モデル
　　5 大脳基底核の神経回路モデル
　　6 小脳の神経回路モデル
　　7 海馬の神経回路モデル
　4 – 2 脳の機能モデル
　　8 運動制御と運動知覚
　　9 物体認識のための視覚
　　10 報酬予測と意思決定
　　11 小脳のモデルと運動制御
　4 – 3 脳機能理解の土台と展開
　　12 自由エネルギー原理
　　13 Hopfield モデルと神経科学の接点
　　14 ロボットを用いた脳理解
　　15 脳デコーディング
　　16 脳デコーディングから言語機能
　　17 神経経済学
　　18 計算論的精神医学
　　コラム 7 計算脳科学と人工知能の接点
　　コラム 8 二重過程理論
　　コラム 9 線虫の神経系
　　コラム 10 昆虫の脳
5.発生・形態形成
　概説
　5 – 1 形態形成における規則や法則
　　1 L-システムと樹木の形
　　2 貝の形
　　3 葉序
　　4 シートの折れ畳まり
　　5 位置情報
　5 – 2 偏微分方程式と自己組織化
　　6 自己組織化
　　7 Turing 不安定
　　8 体表パターン
　　9 細胞運動と走化性
　　10 細胞の極性形成
　　11 界面不安定性による形態形成
　　12 体節形成の進行波
　　13 フェーズフィールドモデルを応用した形態形成
　5 – 3 細胞からの組織の秩序形成
　　14 細胞に基づく形態形成モデル
　　15 細胞再配列と錐体モザイク
　　16 生物の左右性形成
　　17 幹細胞組織から発生する植物器官の形と数と空間的配置
　5 – 4 形態形成と適応
　　18 真正粘菌と血管系
　　19 力推定
　　20 組織変形
　　21 メカノバイオロジー
　　22 骨のリモデリング
6.医学
　概説
　6 – 1 感染症動態
　　1 Kermack–McKendrick モデル
　　2 基本再生産数とその数理的特性
　　3 次世代行列
　　4 テンポラルネットワークが疫学動態に及ぼす影響
　　5 性感染症伝播の異質性と伝播の空間構造
　　6 人の行動変容と感染症流行動態
　　7 環境中のウイルス動態
　6 – 2 免疫系
　　8 免疫系の基礎
　　9 自己免疫疾患・分子擬態
　　10 造血幹細胞分化
　　11 皮膚疾患
　6 – 3 体内ウイルス動態
　　12 宿主体内のウイルス動態
　　13 ウイルス動態と隔離戦略
　　14 多階層なウイルス感染動態の数理モデリング
　　15 ワクチン誘導抗体の定量
　　16 ワクチン誘導抗体の層別化
　　17 ウイルスによる免疫回避・薬剤耐性の進化
　　コラム 11 T 細胞活性化
　　18 再陽性化
　6 – 4 がん
　　19 がんの成り立ちと特性
　　20 がん理論の古典的研究
　　21 がんによる免疫逃避進化
　　22 大腸がんの進化過程
　　23 腫瘍形成モデル
　　コラム 12 アレルギーと花粉症
　　24 がん細胞内の分子間ネットワーク
　　25 がんの情報解析
　　26 ゲノム不安定と発がん
　　コラム 13 ファイロダイナミックス
7.システム生物学
　概説
　7 – 1 調節システム
　　1 システム生物学の基本的なネットワーク
　　2 ブーリアンネットワーク
　　3 常微分方程式モデル
　　4 細胞分化
　　5 体内時計
　　6 分節時計
　　7 ネットワークモチーフ
　　8 リンケージロジック
　　9 線形システムの制御
　　10 遺伝子制御ネットワーク推定法
　7 – 2 化学反応システム
　　11 化学反応系の基礎
　　12 反応速度関数
　　13 シグナル伝達系
　　14 代謝工学
　7 – 3 反応システムの構造と動態
　　15 ネットワーク構造に基づく漸近安定平衡点の存在性
　　16 構造感度解析
　　17 構造分岐解析
　7 – 4 細胞の物理学
　　18 分子シミュレーション
　　19 少数性と揺らぎ
　　20 定量生物学
　　21 細胞運動の生物物理学
　　22 膜系細胞小器官の形態
8.生物情報
　概説
　　コラム 14 単純なモデルと複雑なモデル
　8 – 1 DNA・RNA データ
　　1 ゲノム解析の方法論
　　2 原核生物のゲノム
　　3 真核生物のゲノム
　　4 ウイルスのゲノム
　　5 エピゲノム
　　6 トランスクリプトーム
　　7 シングルセル解析
　8 – 2 タンパク質・機能・マクロデータ
　　8 タンパク質の立体構造
　　9 タンパク質の機能
　　10 プロテオーム
　　11 代謝パスウェイ・メタボローム
　　12 フェノーム
　　13 系統分類データ
　　14 生物多様性・分布データ
　　15 文献データ
　8 – 3 生物情報学の方法論
　　16 アルゴリズム・データ構造
　　17 プログラミング言語
　　18 データベース・知識ベース
　　19 グラフ理論・ネットワーク
　　20 自然言語処理
　8 – 4 各種データの解析
　　21 生物配列解析
　　22 ゲノム比較・ゲノム進化解析
　　23 集団ゲノム解析
　　24 分子系統樹推定
9.数理モデルの解析方法
　概説
　9 – 1 力学系
　　1 常微分方程式
　　2 大域安定性と局所安定性
　　3 非線形力学系の様々な分岐
　　4 結合振動子系と同期現象
　　5 偏微分方程式
　　6 差分方程式
　9 – 2 確率過程
　　7 分枝過程
　　8 マルコフ連鎖
　　9 出生死亡過程
　　10 拡散過程
　9 – 3 最適化と動的最適化
　　11 最適化と制約つき最適化
　　12 Pontryagin の最大原理
　　13 ダイナミックプログラミング
　9 – 4 ゲーム理論
　　14 非協力ゲームとナッシュ均衡
　　15 ダイナミックゲーム
　　16 限定合理性
　　17 進化的に安定な戦略
　　18 進化ゲーム理論
　　コラム 15 マッチングモデル
　　コラム 16 公平性と分配
10.データの解析方法
　概説
　10 – 1 統計基礎
　　1 確率分布
　　2 検定と推定
　　3 リサンプリングによる統計
　　4 一般化線形モデル
　　5 ベイズ統計
　　6 時系列解析と相互作用検出
　10 – 2 機械学習
　　7 回帰
　　8 判別
　　9 10深層学習
　　リザバー計算
　　11 次元削減
　　12 深層生成モデル
　10 – 3 その他の手法
　　13 データ同化
　　14 最適輸送
　　15 遺伝的アルゴリズム
　　16 ベイジアンネットワーク
　　17 因果推論
索 引