1.　複雑系科学としての理論生物学の可能性
　1.1　はじめに
　1.2　複雑系としての生命
　1.3　われわれの立場
　1.4　共生：多様な相互作用世界
　1.5　複雑性，多様性の起源と進化
　1.6　概帰性
　1.7　新奇性の起源と開いた力学系
　1.8　自己言及性と創発のダイナミクス
　1.9　まとめ
2.　共生――多様な相互作用世界
　2.1　最適化世界から相互作用世界へ
　2.2　力学系的進化モデル
　2.3　遺伝子合体過程
　2.4　１対共生
　2.5　ランダム行列ゲーム力学系での動的な共生過程
3.　ホメオカスオ
　3.1　はじめに
　3.2　ホスト―パラサイトのモデリング
　3.3　固定した景観内での突然変異率の上昇と下降
　3.4　パラサイトとの相互作用による高い突然変異率の維持
　3.5　共生ネットワーク
　3.6　ホメオカオス
　3.7　クラスター化とスキーマの生成
　3.8　突然変異率の変化とカオス的遍歴
　3.9　ホメオカスオの生命システムへの意義
4.　繰り返しゲームにおける開放的進化
　4.1　はじめに
　4.2　繰り返し囚人ジレンマゲーム
　4.3　戦略の多様化のメカニズム
　4.4　シミュレーションによる戦略の多様化の例
　4.5　集団の変遷
　4.6　複雑性の進化
　4.7　戦略におけるモジュール性
　4.8　多人数ゲームにおける戦略の進化
　4.9　戦略集団の変遷
　4.10　進化３人IPDゲームでうまく振る舞う戦略の条件
　4.11　ゲームの開放性
5.　コミュニケーションゲームにおける進化
　5.1　コミュニケーションゲーム
　5.2　カオスの縁への進化
　5.3　真似ゲームによる相対的な複雑さの進化
　5.4　真似ゲームと相対的複雑さ
　5.5　チョムスキーと認知言語
　5.6　言語ゲームの世界
　5.7　３人ゲームにおけるコードの生成，時間的分化，多様化社会
6.　マシンとテープの共進化システム
　6.1　チューリングとフォンノイマン
　6.2　自己複製と突然変異
　6.3　記述と本体の分離
　6.4　マシンとテープの分離したモデル
　6.5　外部ノイズの大きさと進化で選ばれるシステムの構成
　6.6　細胞膜に入ったマシンとテープ
　6.7　コアネットから見た自己複製について
　6.8　遺伝子とは何かについて
7.　細胞社会に見る多様性，分化，ルール生成，再帰性，安定性
　7.1　はじめに
　7.2　相互内部ダイナミクス系の理論的背景
　7.3　結合マップモデル
　7.4　細胞増殖モデル
　7.5　アイソロガス多様化
　7.6　階層型分化
　7.7　細胞生物学への意義
　7.8　オープンカオスの理論的問題
8.　フォンノイマン，チューリング，ウィーナーを超えて
　8.1　複製オートマトンから多様な要素からなる集団としての増殖へ
　8.2　フィードバックからホメオカオスへ
　8.3　ゲームから遊びへ
　8.4　シンボルとパターンの双方向関係
　8.5　複雑系としての主体
　8.6　新しい地平へ
9.　参考文献
10.　Editors による会話
11.　索　引