第Ⅰ部　現代ヤポネシア人ゲノムの全体像
　1　「内なる二重構造」モデルの検証〔斎藤成也〕
　　1.1　置換説、混血説、変形説
　　1.2　二重構造モデル
　　1.3　三段階渡来説
　　1.4　「内なる二重構造」モデル
　2　二重構造モデルの検証〔長田直樹〕
　　2.1　埴原和郎の二重構造モデル
　　2.2　東アジアにおける集団史の概観
　　2.3　二重構造モデルの発展形
　3　ヤポネシア人ゲノムの多様性〔大橋　順〕
　　3.1　日本人集団の遺伝的構造
　　3.2　縄文人由来変異
　4　ヤポネシア人のY染色体多様性〔佐藤陽一〕
　　4.1　Y染色体
　　4.2　ヤポネシア人のY染色体ハプログループ
　5　ゲノム規模SNPデータで探る地域性〔鈴木留美子〕
　　5.1　地域区分
　　5.2　全体の主成分分析プロット
　　5.3　五畿八道
　　5.4　海岸線
　　5.5　アクセント
第Ⅱ部　現代ヤポネシア人ゲノムから見た地域多様性
　6　東アジア人のゲノム構造〔河合洋介〕
　　6.1　東アジア人はどこからきたのか
　　6.2　日本人はどこからきたのか
　　6.3　現代日本人のゲノム解析
　　6.4　大規模なゲノム解析から見る日本人のゲノム構造
　　6.5　日本人集団の人口の変動
　　6.6　おわりに
　7　九州ヤマト人のゲノム〔三嶋博之、中岡博史、河村優輔、細道一善、井ノ上逸朗、吉浦孝一郎〕
　　7.1　試料収集態勢
　　7.2　試料の内訳
　　7.3　九州ヤマト人の核ゲノム解析
　　7.4　九州ヤマト人のHLA解析
　8　先史琉球とゲノム研究〔木村亮介〕
　　8.1　琉球の地理
　　8.2　考古学に見る先史の琉球と周辺地域との交流
　　8.3　ゲノム研究に見る琉球人集団の形成
　　8.4　今後の展望
　9　宮古諸島人のゲノム解析〔松波雅俊〕
　　9.1　宮古諸島の地理と歴史
　　9.2　宮古諸島の遺伝背景
　　9.3　宮古諸島の人々の由来
　　9.4　残された謎と応用的側面
第Ⅲ部　ゲノムと形質との関連
　10　ヤポネシア人の寒冷適応能〔中山一大〕
　　10.1　はじめに
　　10.2　ヒトの寒冷適応能と褐色脂肪組織
　　10.3　ヤポネシア人の熱産生能多様性に寄与する遺伝子
　　10.4　自然選択の痕跡を残す遺伝子は熱産生能と関連するか？
　　10.5　寒冷適応に関係した他の形質の多様性
　　10.6　おわりに
　11　SNP以外のゲノム変化〔藤本明洋〕
　　11.1　ヒトゲノムの多型
　　11.2　マイクロサテライトの遺伝的多様性
　　11.3　構造異常
　　11.4　今後の展望
　12　ピロリ菌のゲノム解析〔山岡吉生〕
　　12.1　ピロリ菌の病原因子CagAを用いた解析
　　12.2　multi-locus sequence typing（MLST）解析
　　12.3　次世代シークエンサーを用いた解析
　　12.4　おわりに
索　引